وی تحصیلات مقدماتی را در اصفهان فراگرفت و آنگاه ریاضیات، حساب و فلسفه را از محضر آخوند ملامحمد کاشی و جهانگیرخان قشقایی آموخت. سپس به نجف اشرف عزیمت نمود و در محضر بزرگانی چون سیدمحمد فشارکی، سید مرتضی کشمیری و ملااسماعیل قره باغی شاگردی نمود. آیت اللَّه نخودکی اصفهانی پس از مراجعت از نجف اشرف، در مشهد مقدس اقامت گزید و از محضر فرزانگان این دیار نیز بهره مند گشت. او علاوه برتدریس و تحقیق و عبادت بسیار، به مستمندان و نیازمندان توجه ویژه ای داشت. آیت اللَّه نخودکی اصفهانی، بیشتر ایام عمر را در ریاضتهای طاقت فرسا سپری کرد. وی دارای مقامات و کرامات بسیار بود که شرح جزئی از کرامات و کارهای خارق العاده وی در کتابی تحت عنوان نشان از بی نشانها توسط فرزندش گردآوری و منتشر گردید. آیت اللَّه نخودکی سرانجام در هشتم شهریور ۱۳۲۱ ش برابر با ۱۷ شعبان ۱۳۶۱ قمری وفات یافت و در جنب ایوان عباسی (مقابل صحن ایوان طلا) در حرم حضرت رضا(ع) مدفون گردید.