پس از تبعيد حضرت امام خميني(ره) در سيزدهم آبان 1343 ش به تركيه، رژيم پهلوي در عصر همان روز، فرزند ارشد ايشان، حاج سيد مصطفي را نيز دستگير و روانه زندان قزل قلعه در تهران نمود.

انعکاس این دو خبر، شهرهای قم، مشهد و تهران را به حالت تعطیل درآورد و در بسیاری از شهرها تظاهرات به راه افتاد. در نهایت فشار افکار عمومی و بحران سیاسی و طوفان نشأت گرفته از تبعید امام، چنان رژیم را درمانده کرد که سعی نمود به طوری، آن را آرام سازد. از این رو حاج سید مصطفی خمینی را پس از ۵۷ روز حبس، در هشتم دی ماه ۱۳۴۳ از حبس، آزاد کردند و از او خواستند که بدون سروصدا به قم برگردد. اما ورود ایشان به قم، مورد استقبال پرشور مردم قرار گرفته و ملت انقلابی، ایشان را تا خانه همراهی کردند. ولی چون رژیم از این عمل سودی به دست نیاورد، پس از پنج روز به گونه‏ای وحشیانه سیدمصطفی را از خانه مسکونی دستگیر و در ۱۴ دی ماه به ترکیه تبعید کرد.