پس از پيروزي انقلاب اسلامي، فضاي جامعه از فرهنگ طاغوتي پاك نشده بود و مظاهر آن در همه جا به چشم مي خورد.
همچنین عوامل فعال طاغوتی در دانشگاهها مانع اشاعه فرهنگ اسلامی بودند. در نتیجه دانشجویان در برابر این مسأله، به مقابله برخاستند و دانشگاهها تعطیل شد. حضرت امام با تأیید این حرکت، فرمان تشکیل نهاد انقلابی جهاد دانشگاهی را صادر کردند تا پس از تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی، فرهنگ منحط غربی از مراکز علمی و فرهنگی کشور زدوده شود. این مرکز فرهنگی در سال ۱۳۶۳، به عنوان ستاد اجرایی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد تا این که در سال ۱۳۶۴، پس از استقلالِ دانشگاهها و جدا شدن وزارت فرهنگ و آموزش عالی، مجدداً به عنوان جهاد دانشگاهی مطرح گردید. بر اساس اساسنامه این نهاد جهاد دانشگاهی نهادی است عمومی و غیر دولتی، زیر نظر شورای عالی انقلاب فرهنگی، دارای شخصیت مستقل و از لحاظ استخدامی و مالی، تابع مقرراتی است که در چهارچوب اختیارات قانونی به تصویب هیئت امنای جهاد دانشگاهی میرسد. از سال ۱۳۶۹، جهاد دانشگاهی به عنوان پلی میان دانشگاه و بخش صنعتی و خدماتی کشور معرفی و محل استقرار آن، بیرون از دانشگاه تعیین شد. گسترش تحقیقات و شکوفایی روحیه پژوهش، گسترش طرحهای کاربردی و نیمه صنعتی از طریق پیوند با مراکز علمی و تحقیقاتی به منظور به کارگیری وظایف و توسعه امور فرهنگی در سطح جامعه از طریق همکاری با حوزه و دانشگاه و سایر مراجع و نهادهای فرهنگی به ویژه برای نسل جوان، از اهداف مهم جهاد دانشگاهی می باشد.