تحصیلات مقدماتی علوم دینی را در زادگاهش فراگرفت و در ۲۵ سالگی راهی حوزه علمیه قم شد. آیت اللَّه قاضی در قم از محضر حضرات آیات عظام سید محمدرضا موسوی گلپایگانی، سیدمحمد حجت کوه کمره ای، سید صدر الدین صدر، سید حسین بروجردی و حضرت امام خمینی(ره) کسب فیض کرد و به مدارج والایی در علم رسید. وی همچنین پس از مدتی راهی نجف اشرف گردید و از درس آیات عظام سید محسن حکیم، عبدالحسین رشتی و علامه محمدحسن کاشف الغطاء استفاده های شایانی برد. آیت اللَّه قاضی در سال ۱۳۳۱ ش به تبریز رفت و نمایندگی حضرت امام را عهده دار گردید. با شروع نهضت اسلامی در سال ۱۳۴۱ ش، مبارزات ایشان علیه رژیم پهلوی اوج گرفت و در این راه سختی های زندان، شکنجه و تبعید را به جان خرید. به ابتکار این مجاهد نستوه و دیگر یاران انقلاب بود که مراسم چهلم شهدای قیام ۱۹ دی ۱۳۵۶ قم، در ۲۹ بهمن آن سال در تبریز برگزار شد که در آن حماسه ای جاودان در تاریخ انقلاب اسلامی به ثبت رسید. آیت اللَّه قاضی طباطبایی پس از پیروزی انقلاب اسلامی از سوی امام خمینی(ره) به عنوان نماینده تمام الاختیار و امام جمعه تبریز منصوب و در آن خطّه مشغول به خدمت شد. این مجاهد سترگ علاوه بر فعالیتهای سیاسی و اجتماعی به امور علمی نیز اهتمام ویژه ای داشت و در طول سالیان عمر پر برکت خویش بیش از چهل اثر ارزنده از خود به یادگار گذاشت که الاجتهاد و التقلید، تاریخ قضا در اسلام، حدیقهُالصّالحین، علم امام، رساله در نماز جمعه و الفوائد از آن جمله اند. آیت اللَّه سید محمدعلی قاضی طباطبایی در دهم آبان ۱۳۵۸، مصادف با عید سعید قربان، نماز عید را اقامه کرده و در خطبه نماز گفت: “مرا تهدید به قتل می کنند. من از شهادت نمی ترسم و آماده ام و از خدا می خواهم.” سرانجام در همان روز بعد از نماز مغرب و عشاء و در راه مراجعت به منزل، توسط منافقی از گروهک ضالّه فرقان به شهادت رسید و در ۶۵ سالگی به لقای معبود شتافت.