امام پنجم، حضرت امام محمدباقر(ع) در هفتم ذي الحجه ي سال صد و چهارده هجري قمري به دست هشام بن عبدالملك اموي در مدينه مسموم گرديد و در قبرستان بقيع در كنار امام حسن مجتبي(ع) و امام سجاد(ع) به خاك سپرده شد.

آن حضرت به هنگام شهادت، پنجاه وهفت سال داشته و از امامت ایشان، در حدود بیست سال می‏ گذشت. در دوران امامت آن حضرت، فرصت‏هایى برای نهضت فکری به دست آمده بود که امام باقر(ع) کمال استفاده را در جهت تربیت شاگرد و استحکام و گسترش تشیع و انقلاب فرهنگی نمود. امام باقر(ع) در فرصت کوتاه و مناسبی که به دست آمده بود، یکسره به تعلیم و نشر علوم اسلامی پرداخت و پایه ‏های یک مرکز بزرگ علمی را که مملو از دانش‏ پژوهان برجسته بود، پی‏ ریزی کرد. این موقعیت حساس، سرفصل بزرگی در تاریخ تمدن اسلامی گشود و رشد اسلام در دوره ‏های بعد، تاثیر فراوانی از آن پذیرفت.