یهودیان خیبر، همچون پایگاه دشمن از نقطه ای حساس در حکومت اسلامی، برضد اسلام عمل می کردند. یهودیان فرصت طلب، علیرغم پیمانی که با مسلمانان داشتند، خیبر را کانون مبارزه با اسلام قرار داده و تا می توانستند، مشرکان را بر ضد اسلام می شوراندند و کمک می کردند. پیامبر اسلام(ص) تصمیم گرفت این آخرین کانون ضداسلامی دشمن در مدینه را نیز نابود کند و ریشه ی فتنه را درآوَرَد. پیامبر اکرم(ص) با هزار و ششصد نفر، با روش غافلگیرانه، خود را به قلعه های خیبَر رساندند. یهودیان به قلعه های خود پناه برده و قلعه ها را به روی خود بستند. مسلمانان قلعه ها را یکی پس از دیگری گشودند ولی فتح دو قلعه ی آخر ده روز به طول انجامید. حضرت رسول اکرم(ص) پس از این که عده ای از اطرافیانش موفق به فتح آن دو قلعه نشدند، فرمود: فردا پرچم جنگ را به مردی میدهم که جنگجویى است که فرار نمی کند، خدا و رسول خدا(ص) را دوست دارد، خدا و رسولش نیز او را دوست دارند و خدای تعالی خیبر را به دست او فتح می کند. فردا حضرت علی(ع) حاضر گشت و حضرت رسول(ص) پرچم را به دست او سپرد. حضرت علی(ع) به سوی خیبر شتافت و پس از آن که پهلوانان یهود را به هلاکت رساند قلعه ی خیبر را به دست مبارک خویش فتح کرد.