او پس از به دست گرفتن قدرت، پاتریس لومومبا، قهرمان ملی این کشور را به کشتن داد و موجی از نفرت علیه خود ایجاد کرد. موبوتو در طی سالهای بعد قدرت خود را افزایش داد تا اینکه در ۲۵ نوامبر ۱۹۶۵م طی کودتایى، رئیس جمهور قانونی کشور را سرنگون کرد و از آن پس، به عنوان رئیس جمهور کنگو بر کشور حکمرانی نمود. وی در این دوران، با حذف پست نخست وزیری، کل اختیارات کشور را در دست گرفت و با در پیش گرفتن روش خودکامگی و استبداد، هرگونه مخالفتی را سرکوب نمود. موبوتو در ۲۷ اکتبر ۱۹۷۱، نام رسمی کشور را از جمهوری دموکراتیک کنگو به جمهوری زئیر تغییر داد و به تقلید از رهبران چین، دست به انقلاب به اصطلاح فرهنگی زد. دوران به ظاهر آرام حکومت موبوتو از اوایل دهه ۱۹۹۰م به اغتشاش و ناآرامی کشیده شد و حکومت وی مورد اعتراض شدید مردم قرار گرفت. در این میان تلاشهای موبوتو برای کنترل اوضاع به ثمر نرسید و شورشیان به رهبری لوران کابیلا به جنگ با حکومت مرکزی پرداختند. در نهایتْ علیرغم انجام مذاکرات و میانجی گریهای بین المللی، نتیجه مطلوب حاصل نشد و موبوتو سه سه سکو پس از شکست از شورشیان، پس از ۳۷ سال زمامداری، در ۱۶ مه ۱۹۹۷م از کشور گریخت. (ر.ک: ۷ سپتامبر)