به دنبال اوج این مخالفت، دولت موقت به طور دستهجمعی استعفا کرد که با موافقت حضرت امام روبرو گردید. استعفای بازرگان در پی اعتراض و حملات شدید حوزه علمیه قم، دانشجویان مسلمان پیرو خط امام و گروههای اسلامی دیگر به مذاکره وی با مقامهای آمریکایی در الجزایر صورت گرفت. پس از این استعفا، بلافاصله امام امت، امور اجرایی کشور را به شورای انقلاب واگذار کردند تا زمینه را جهت انجام انتخابات ریاست جمهوری فراهم کنند. طول عمر دولت موقت از نیمه بهمن ۵۷ تا نیمه آبان ۵۸ تنها نُه ماه به طول انجامید. ماموریت شورای انقلاب، تا شکل گیری دولت شهید رجایی در مرداد ۱۳۵۹ ادامه یافت.