لذا در همان ساعات اولیه پس از انفجار، مذاکره و مشاوره برای تعیین نخست وزیر آغاز شد. سرانجام پس از صحبتهای طولانی، شورای موقت ریاست جمهوری، آیت اللَّه محمدرضا مهدوی کنی، وزیر کشور دولت شهید رجایی را به عنوان نخست وزیر به مجلس شورای اسلامی پیشنهاد داد و ایشان با کسب ۱۴۸ رأی از ۱۷۹ رأی به نخست وزیری رسید. دوران نخست وزیری آیت اللَّه مهدوی کنی تا انتخابات ریاست جمهوری و انتخاب آیت اللَّه خامنه ای در مهرماه آن سال به طول انجامید.