ولی پس از هجرت پیامبر اسلام به مدینه، یهودیان این شهر، پیامبر اسلام(ص) را مورد طعنه قرار داده و از این که مسلمانان از قبلهی یهودیان برای نماز استفاده میکنند، آنان را استهزاء میکردند. سرانجام در حالی که ۱۷ ماه از ورود پیامبر اسلام(ص) به مدینه میگذشت، به دستور خدا، کعبه، قبلهی مسلمانان گردید. این دستور در حالی که پیامبر اکرم(ص) نماز ظهر را در مسجد بنیسَلَمه اقامه میکرد از جانب خداوند صادر شد. پیامبر اسلام(ص) در حالِ نماز، روی به مسجدالحرام کرد و دو رکعت پایانی نماز ظهر را به سوی کعبه خواند و به همین دلیل این مسجد در تاریخ اسلام به “ذوالقبلَتَین” معروف شده است.