در کودکی به فراگیری قرآن نزد پدر پرداخت و سپس به تشویق والد خود برای تحصیل علوم دینی، راهی قوچان شد. از آن پس وارد مشهد گردید و تحصیلات خود را ادامه داد. سیدمحمدحسن در نوزده سالگی همراه یکی از دوستانش، با پای پیاده از راه طبس به یزد و از آنجا به اصفهان رفته و در اقامت چهار ساله ی خود در آن شهر، از اساتید فن، مستفیض گردید. آقانجفی قوچانی بار دیگر با پای پیاده عزم نجف اشرف کرد. در مدت بیست سال سکونت در آن دیار مقدس، از محضر علمای نامدارِ زمان از جمله آخوند خراسانی بهره مند شد و به اجتهاد نایل آمد. او با شنیدن خبر درگذشت پدر به زادگاه خود مراجعت نمود و به درخواست اهالی قوچان، در آن شهر رحل اقامت افکند. آقا نجفی قوچانی، علاوه بر اداره ی حوزه ی علوم دینیِ آن دیار، حاکمیت شرع شهر قوچان را نیز عهده دار بود. آقا نجفی قوچانی در جنبش مشروطیت ایران، همگام با دیگر روحانیونِ مبارز، مشارکت فعال داشت. از وی آثار گرانسنگی به جا مانده است که کتب سیاحت شرق و سیاحت غرب از جمله ی آنها می باشد. سرانجام این عارف زاهد در شصت و هشت سالگی در شهر قوچان دار فانی را وداع گفت و در منزل خود در آن شهر مدفون گردید.