در ۳ سالگی پدر را از دست داد و سرپرستی او بر عهده ی برادرش قرار گرفت. سید احمد پس از فراگیری مقدمات در زادگاه خود، برای ادامه ی تحصیل، عازم اصفهان گردید و از آن جا عزم نجف اشرف نمود. ایشان در حوزه ی علمیه ی نجف خوشه چین خرمن معارف آیات عظام: آخوند خراسانی، سیدمحمدکاظم یزدی، میرزای نایینی و آقاضیاءالدین عراقی بود و پس از سالیانی، بر قله ی رفیع اجتهاد دست یافت. آیت اللَّه خوانساری در سال ۱۳۳۵ ق به ایران بازگشت و در درس آیت اللَّه شیخ عبدالکریم حائری یزدی در اراک شرکت کرد. با تاسیس حوزه ی علمیه ی قم، به تدریس و پرورش شاگردان همت گماشت ولی از جانب آیت اللَّه بروجردی عازم تهران گردید و در مسجد سیدعزیزاللَّه به اقامه ی نماز جماعت، تدریس خارج فقه، رفع گرفتاریهای مردم و فعالیتهای سیاسی پرداخت. ایشان در زهد و پرهیزگاری و مبارزه با هوای نفس کم نظیر و زبانزد همگان بود و حضور ایشان در کنار حضرت امام، نهضت اسلامی ایران را تقویت می کرد. سرانجام این عالم ربانی در ۲۹ دی ۱۳۶۳ در ۹۶ سالگی جان به جان آفرین تسلیم کرد و به سرای باقی شتافت. پیکر آن مرجع بزرگوار تقلید پس از تشییع در تهران به قم منتقل گردید و در مسجد بالاسر حضرت معصومه(س) مدفون شد. العقائدُ الحَقّه، مناسک حج و جامعُ المدارک از جمله آثار ایشان می باشد.