حاج سید احمد پس از شهادت برادر بزرگوارش آیت اللَّه سیدمصطفی خمینی، مسؤولیت اصلی ارتباط امام امت با یاران انقلاب را به عهده گرفت و تا پیروزی انقلاب اسلامی و پس از استقرار نظام اسلامی، این ارتباط را کاملاً حفظ نمود و در تمامی لحظات در کنار حضرت امام بود.
ایشان در پاریس، علاوه بر مقابله با جریانهای سیاسی منحرف از خط امام و برنامه ریزی دقیق برای تنظیم امور بیت و دفتر امام در نوفل لوشاتو، رسالتی مهم بر عهده داشت که تجربه کافی آن را قبلاً طی سالهای مبارزه در ایران آموخته بود. این رسالت مهم، برقراری ارتباط های گسترده و لازم بین اقشار مختلف جامعه انقلابی ایران و رهبری انقلاب در خارج از کشور بود. ایشان پس از ورود به کشور و پیروزی انقلاب اسلامی، همانند گذشته، زمینه های لازم را برای هدایت امور انقلاب و تنظیم بیت و دفتر امام و تامین شرایط برای ارتباط های گسترده امام با مردم و مسؤولان که روزانه در نوبت های متوالی به دیدار امام می شتافتند، فراهم می نمود. وی به عنوان رییس دفتر امام، بخشی از مسؤولیت های خطیر ایشان را برعهده گرفت و در خلال این مدت، با قوت و به خوبی، از ایفای وظایف محوله برآمد. همچنین با شروع جنگ، کسب اطلاعات دقیق روزمره از آخرین وضعیت جنگ و آخرین اخبار از شرایط سیاسی و اجتماعی جامعه و موضع گیری افراد و گروهها در قبال جنگ، تنظیم و جمع بندی اطلاعات و رساندن به موقع این اخبار به حضرت امام، مسؤولیتی بود که مرحوم حاج احمد خمینی آن را با مدیریت عالی خود انجام می داد. ایشان پس از رحلت جانگداز حضرت امام خمینی(ره)، به عضویت مجلس خبرگان رهبری و نمایندگی مقام معظم رهبری در شورای عالی امنیت ملی کشور برگزیده شد و تولیت مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی را برعهده گرفت و بسیاری از کتابها و نوشتارهای امام را به زیبایی منتشر نمود. ارتباط حاج سیداحمد با مقام معظم رهبری بسیار گرم و زبانزد همگان بود و از یاران صدّیق رهبر انقلاب و مورد احترام همه ملت ایران بود. این روحانی مجاهد سرانجام پس از چند روز بیماری حاد، در ۲۶ اسفند ۷۳ در ۴۹ سالگی دار فانی را وداع گفت و پس از اقامه نماز میت توسط حضرت آیت اللَّه خامنه ای، طی مراسم باشکوهی در جوار مزار پدر ارجمندش مدفون گردید.
