وی پس از طی تحصیلات متوسطه به معلمی روی آورد و با اتمام دروس دانشگاهی خود در رشته پزشکی، به طبابت در یکی از بیمارستان های بیت المقدس پرداخت. دکتر فتحی شقاقی در سال ۱۹۶۸م، به جنبش جهاد اسلامی فلسطین پیوست و پس از مبارزات طولانی بر ضد صهیونیستها، به دبیر کلی جنبش جهاد اسلامی برگزیده شد. وی روز جهانی قدس را روز احیای اسلام و احیای جهاد ضد صهیونیستی می دانست و آن را گرامی می داشت. این مبارز فلسطینی در راه آرمان ملت فلسطین تلاش فراوانی از خود نشان داد و دشمن صهیونیستی را به فکر انتقام واداشت. دکتر فتحی شقاقی سرانجام در اقدامی تروریستی در ۲۶ اکتبر ۱۹۹۵م به دست عوامل سازمان جاسوسی اسرائیل (موساد) در والتا پایتخت مالت واقع در دریای مدیترانه مورد سوء قصد واقع شد و در ۴۴ سالگی به شهادت رسید. ترور فتحی شقاقی، واکنش تند مسلمانان و مخالفان صهیونیسم را برانگیخت و بار دیگر ماهیت تروریستی این رژیم غاصب را به همگان نشان داد.