وي پس از گذراندن دوره آموزش مقدماتي، براي تكميل دوره به آمريكا رفت و دوره خود را در آمريكا با موفقيت سپري كرد.
شهید بابایی با دارا بودن تعهد و تخصص، در مرداد ۱۳۶۰ به فرماندهی پایگاه هشتم هوایی اصفهان رسید. این سردار رشید اسلام، قسمت اعظم حضور خود را در پروازهای عملیاتی گذراند و سه هزار ساعت پرواز کرد. سرلشکر بابایی با روحیه شهادت طلبی به همراه شجاعت و ایثاری که در طول سالهای دفاع مقدس به نمایش گذاشت، صفحات نوین و زرینی بر تاریخ نیروی هوایی افزود و تنها در دو سال آخر عمر، بیش از شصت ماموریت جنگی را با موفقیت کامل به انجام رساند. این خلبان غیور ارتش اسلام سرانجام در پانزدهم مرداد ۱۳۶۶ ش برابر با عید قربان، در یک عملیات برون مرزی به شهادت رسید و در تشییعی با شکوه در گلزار شهدای قزوین به خاک سپرده شد. وی در هنگام شهادت، معاون عملیاتی نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران بود.
