وی به مدت ۲۱ سال در قم به فراگیری علوم اسلامی پرداخت و از محضر عالمان نامداری همچون شیخ عبدالکریم حائری یزدی، سیدصدرالدین صدر، سیدمحمدتقی خوانساری، سیدمحمد حجت کوه کَمره ای و حضرت امام خمینی(ره) بهره برد. پس از درگذشت آیت اللَّه شیخ عبدالکریم حائری، مؤسس و مدیر حوزه علمیه قم، اداره قسمتی از حوزه علمیه به شهید صدوقی واگذار شد. با رسیدن سال ۱۳۳۰ ش و فوت عالم بزرگ دینی یزد، با درخواست مردم و توصیه حضرت امام و بزرگان به آیت اللَّه صدوقی، ایشان به یزد بازگشت و به انجام وظایف دینی و انقلابی پرداخت. این عالم ربانی از آغاز مبارزات حضرت امام خمینی(ره) چه پیش از قیام ۱۵ خرداد و چه پس از آن، همواره از یاران و مروّجان افکار متعالی حضرت امام محسوب می شد. این شخصیت والامقام پس از پیروزی انقلاب اسلامی، از طرف مردم یزد، برای تدوین قانون اساسی راهی مجلس خبرگان شد و در راه تثبیت اصل ولایت فقیه، تلاش فراوانی از خود نشان داد. ایشان همچنین به عنوان نماینده امام و امام جمعه یزد برگزیده شد و به روشنگری و ارشاد مردم همت گماشت. سرانجام آیت اللَّه محمد صدوقی در روز ۱۱ تیر ۱۳۶۱ مطابق با دهم ماه مبارک رمضان سال ۱۴۰۲ ق، پس از ادای نماز جمعه در حالی که جایگاه را ترک می کرد، منافقی با به آغوش کشیدن آن بزرگوار و منفجر کردن نارنجکی که در دست داشت، ایشان را در خون خود غوطه ور ساخت. در این ترور که در ادامه سیاست و روش پلید منافقین کوردل جهت حذف فیزیکی چهره های فعال، مؤثر و شاخص انقلاب اسلامی صورت گرفت آن شهید بزرگوار که به حق، شیخ الشهداء و چهارمین شهید محراب نامیده شده است، به آرزوی دیرین خود رسید و به معراج خود که شهادت بود، دست یافت.