پس از تشکیل مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان، مواردی به وجود آمد که این دو نهاد با هم اختلاف نظر پیدا می کردند و در هر بار نظر حضرت امام را اعمال می نمودند. سرانجام در اواسط بهمن 1366 از سوی رییس جمهور، رییس مجلس، رییس دیوان عالی کشور، نخست وزیر و حاج احمد خمینی نامه ای خطاب به امام نگاشته و از ایشان درخواست شد که برای حل عملی مسائل، مرجعی را تعیین کرده که باعث حل اختلاف مجلس با شورای نگهبان گردد.