پس از تبعيد حضرت امام خميني(ره) در سيزدهم آبان 1343 ش به تركيه، رژيم پهلوي در عصر همان روز، فرزند ارشد ايشان، حاج سيد مصطفي را نيز دستگير و روانه زندان قزل قلعه در تهران نمود.

آیت اللَّه حاج سیدمصطفی خمینی در آذرماه 1309 ش در قم به دنیا آمد و پس از گذراندن دوران ابتدایی، در 16 سالگی به تحصیل علوم اسلامی روی آورد.