با این که مسأله مورد اختلاف، ظاهراً حل شده بود، اما کشمکش و اختلاف پنهانی و آشکار بین رییس جمهور و مخالفانش در مجلس و خارج از آن ادامه پیدا کرد. با آغاز جنگ، با این که این مسأله، تمام توان و فکر مسؤولان را به خود مشغول کرده بود، اما در عین حال، اختلاف

زمینه‏ های انتصاب آقای هاشمی به مسؤولیت جدید، اساساً پس از سقوط فاو ایجاد شد و بدین ترتیب بود که سپاه، ایشان را برای این عنوان به امام پیشنهاد کرد. از اینرو، امام پس از سقوط شلمچه، طی حکمی، آقای هاشمی را به این سمت تعیین نموده و در آن حکم، به ایجاد ستاد فرماندهی