وی در ۲۳ سالگی راهی عتبات عالیات گردید و در محضر شیخ محمد حسین فاضل اردکانی، میرزا حبیب ‏اللَّه رشتی و شیخ زین‏ العابدین مازندرانی در تکمیل معارف اسلامی خود کوشید تا به مقام اجتهاد نائل آمد. ثقهالاسلام تبریزی پس از هشت سال به تبریز مراجعت کرد و با نطق و موعظه، در هدایت افکار مردم می‏ کوشید. پس از استقرار نظام مشروطه و پایان یافتن دوره استبداد صغیر در ایران، روسیه که حامی استبداد بود، در صدد اعاده استبداد در کشور برآمد و به دنبال بهانه بود. استخدام مورگان شوستر آمریکایی توسط مجلس شورای ملی برای خزانه‏ داری کل کشور، بهانه را به دست آنها داد. روس‏ها از این عمل برآشفته شدند و طی اولتیماتوم شدیدی، خواهان اخراج شوستر شدند. در این زمان بین مجلس و دولت بر سر این اولتیماتوم، بحث‏ های زیادی درگرفت که در این حال، نیروهای روسیه نیز بخشی از مناطق غرب و شمال ایران را به اشغال خود درآوردند. با ورود سپاهیان روس به تبریز، بسیاری از مردم به دست آنان قتل عام شدند و ثقه الاسلام تبریزی نیز سعی می‏ کرد باگفتگو مانع از کشتار مردم گردد. در نهایت، روس‏ها ثقه الاسلام را در روز نهم محرم ۱۳۳۰ ق برابر با نهم دی ماه ۱۲۹۰ ش دستگیر کردند. آن‏ها از ثقه الاسلام خواستند که برای حفظ جان و مقام خود، مجاهدان تبریزی را آغازگر جنگ و کشتار معرفی کند ولی وی این تقاضا را به شدت رد کرد. بنابراین قوای جنایت پیشه روس، این عالم مجاهد را پس از اهانت و هتک حرمت، به دار کشیده و در دهم دی ماه ۱۳۳۰ ش برابر با عاشورای سال ۱۳۳۰ ق به شهادت رساندند. میرزا علی آقا ثقهالاسلام مردی فاضل، قانع، فروتن و بردبار و در عین حال جسور و بی‏ باک بود. به ایران و ایرانی عشق می‏ ورزید و از بیگانگان نفرت داشت. در روزهایی که تبریز عرصه کشاکش اختلافات داخلی بود، وی سعی می‏ کرد تا آن‏ها را به هم نزدیک کند و نیروهایشان را در مبارزه با اشغالگران روس و انگلیس به کار گیرد. ثقه الاسلام درعرصه ادب نیز دستی توانا داشت و به هر دو زبان فارسی و عربی مسلط بود. مِرآهُ الکُتُب و مقتل سید الشُّهدا از جمله آثار این مجاهد انقلابی می‏ باشند. لذا در چنین روزی

روس ها در تبریز ثقه الاسلام و هفت نفر دیگر از مجاهدین را به دار آویختند